Machiavelli wirkt auch heute weiter. Man hielt ihn zunächst für schuldig an den Massakern der Bartholomäusnacht in Frankreich. Zudem inspirierte er Marlowe und Shakespeare zu einem Bühnen-Machiavelli im Elisabethanischen Theater.

1576 ließ der französische Hugenotte Innocence Gentillet eine Schrift verbreiten, die Machiavelli als geistigen Vater der Bartholomäusnacht verstehen wollte. Denn am 24. August 1572 und in den folgenden Tagen wurden in Paris mehr als 10.000 französische Protestanten im Schlaf ermordet. Dies geschah durch Anhänger der Partei der Guise und mit Billigung der Königin Katharina aus dem Haus der Medici. Es handelt sich um den ersten Völkermord aus politischen Motiven, der auch als Politozid bezeichnet wird. In Rom ließ Papst Gregor XIII. ein Tedum anstimmen, ließ Münzen prägen, auf denen Engel zu sehen sind, welche die Protestanten ermordeten und urteilte, dieses Massaker erfreue ihn noch mehr als jener Seesieg über die Türken bei Lepanto 1571. Doch auf Machiavelli kann dieser Politozid nicht zurückgeführt werden. Weder er noch sein Freund Guicciardini sprachen sich für Politozide aus. Statt Massentötungen dürften lediglich einige aus dem Weg geräumt werden. Zwar ist auch die Lizenz zum Einzelmord verwerflich. Doch die Politozide des Nationalsozialismus haben mit Machiavelli nichts zu tun. Zu deren geistigen Vätern gehört eher Friedrich Nietzsche und seine Forderung nach der Vernichtung von Millionen – in seiner unbegründeten Wertung – missratener Menschen.

Der Bühnen-Machiavelli verfolgt speziell bei Shakespeare als Jago, als Richard III, als Edmund in King Lear verwerfliche Ziele um des Verwerflichen willen, sie verhöhnen alle Religion und Moral, sie begehen Verrat an ihren Verbündeten und werden erst dann enttarnt, als es bereits zu spät ist, um den Untergang der Opfer zu verhindern. Der erste Bühnen-Machiavelli erscheint als der Jude Barabas in Marlowes Tragödie The Jew of Malta. Shakespeares Richard III. beansprucht gar, dass er den mörderischen Machiavelli zum Nachsitzen auf eine Schule schicken wolle.

Das Verständnis der Fürstenschrift war seit Traiano Boccalini von der Deutung belastet, dass der Fürst alle üblen Verhaltensweisen aufweist, um ihn dem öffentlichem Abscheu auszuliefern. Dieser Umdeutung des Fürsten folgten Rousseau und die französischen Aufklärer und der italienische Dichter Ugo Foscolo. Es gehe Machiavelli um eine Enttarnung der Listen des souveränen Alleinherrschers. Heute versteht man Machiavelli als Vertreter eines politischen Realismus.